秋芳洞は秋吉台の地下にある総延長約9kmの国内最大級の鍾乳洞で、国の特別天然記念物に指定されている。ただし、一般に公開されているのは約1.5kmのみである。洞窟の入り口は高さ24m、横8mに達し、洞内の最も広いところでは幅200m、洞内のもっとも天井が高いところでは80mに達する。秋芳洞は約3億年前にタンジョウしたサンゴ礁が地殻変動によって陸地化し、その後石灰化したサンゴ礁が長い年月を経過することで地下水によって溶け出して、今日のような鍾乳洞となった。秋芳洞は「あきよしどう」や「しゅうほうどう」と呼ばれている。秋芳洞にはコウモリ、アキヨシミズムシなどの固有種や珍しい生物が生息する。洞内の主な見所はマリア観音、岩窟王、百枚皿、洞内富士、傘づくし、千畳敷、黄金柱などと呼ばれる鍾乳石・石筍・石柱である。さらに、有料(300円)の特別料金が必要な探検コースがある。「秋吉台地下水系」として、大正洞と景清洞とともにラムサール条約登録湿地に登録されている。秋芳洞の見学の所要時間は約1時間程度である。