本丸とは、城の中核となる曲輪を言い、江戸時代には多くの城において、本丸の内部に城主の住居や天守閣が建てられた。 現存する江戸時代の城の御殿建築は計4ヶ所のみで、本丸御殿は高知城と川越城、二ノ丸御殿は掛川城と二条城となっている。
 二条城は徳川家康が京都御所の守護と京都での宿泊所として造営した重要な城で、1626年に大改修された二ノ丸御殿が10棟現存する。二条城の二ノ丸御殿は6棟が国宝に、4棟が重要文化財に指定されている。また、二条城の二の丸庭園は特別名勝に指定されている。築城当初は本丸御殿もあったとされるが、1788年に消失したため、現存していない。現在の二条城には本丸御殿が存在するが、本丸御殿は明治時代の1893年に桂宮家の屋敷を移築したもので、完全な形で残る宮家の屋敷となている。高知城には1603年に建設され、1727年に消失し、1749年に元の遺構を踏襲して再建された本丸御殿が現存する。かつては二ノ丸御殿と三ノ丸御殿もあった。本丸御殿が使われることは少なく、藩主の公邸と藩内の 政務の機能は二ノ丸御殿に、藩の公的式典の機能は三ノ丸御殿に置かれていた。高知城の本丸御殿は天守閣と本丸御殿が当時のまま現存する唯一の御殿建築である。高知城の本丸御殿は天守閣等の他の建物と共に国の重要文化財に指定されている。掛川城には1854年に地震により倒壊し、1861年に再建された二ノ丸御殿が7棟現存する。当初は本丸にも御殿があったとされるが、その後老朽化により本丸御殿の機能が二ノ丸御殿に移された。掛川城の二ノ丸御殿では藩の公的式典、藩主の公邸、藩内の 政務の機能が置かれた。掛川城の御殿は国の重要文化財に指定されている。川越城には1848年に建設された本丸御殿の一部が現存する。当時は16棟あったが、明治維新後に多くが解体され、玄関と家老詰所(移築された後に復元)のみが現存する。川越城の本丸御殿は埼玉県指定文化財に指定されている。

門・櫓が重要文化財
移築された城門