金地院は南禅寺の塔頭で、応永年間（1394～1428）に足利義持が北山に創建したのに始まる。さらに、慶長始めに徳川家康の参謀として知られる以心崇伝が南禅寺塔頭として現在の場所に移した。境内には東照宮が置かれている。方丈は入母屋造り、柿葺の方丈は伏見城の遺構を移築したもので、各室内の狩野派による襖絵が有名である。6つの窓が設けられた茶室八窓席は金地院庭園とともに小堀遠州によるものである。
　東照大権現（東照宮）を拝するように作庭された方丈庭園は別名鶴亀の庭園といい、桃山時代の風格を今に伝える江戸初期の枯山水庭園である。全面に覆われた白砂は海を表し、右手に仙人を乗せて羽ばたこうとする鶴の姿を彷彿とさせる鶴石と、左手に不老不死の島と伝わる蓬莱山を背負った亀を表す亀石が配されている。 その中間には仙人がいるという島々を象る石が配置され、崖地を利用した蓬莱石組である。さらに背景の木々は幾重にも折りかさなる山々を現している。庭園は国の特別名勝に指定されている。